AMPLIFIKASI GEN EF-1Α HAMA PENGGEREK BUAH KAKAO (Conopomorpha cramerella Snell.) DENGAN TEKNIK PCR DAN KARAKTERISASINYA

Muzuni Muzuni

Abstract


Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamplifikasi dan menentukan karakter gen EF-1α hama kakao penggerek, PBK(Conopomorpha cramerella), sehingga dapat digunakan sebagai bahan informasi molekuler untuk deteksi dini PBK dengan PCR. Penelitian ini menggunakan metode PCR yang diawali dengan isolasi DNA genom menggunakan metode CTAB, analisis similaritasnukleotida dan protein menggunakan program NCBI, pemetaan enzim restriksi menggunakan program NEB Cutter, konstruksi pohon filogenetik menggunakan program Mafft Katoh, analisis asam amino menggunakan program Expasy, dan analisis hidrofobisitas menggunakan Program BioEdit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter fragmen gen EF-1α PBK parsial adalah berukuran 601 bp; fragmen gen EF-1α PBK parsial mempunyai nilai similaritas 100 % baik dianalisis berdasarkan urutan nukleotida maupun urutan asam amino; pemetaan enzim restriksi menunjukkan 42 situs pemotongan; analisis asam amino menghasilkan 200 asam amino; analisis hidrofobisitas menunjukkan bahwa gen parsial EF-1α adalah dominasi wilayah hidrofilik; dan hasil konstruksi filogenetik menunjukkan PBK berada pada kelompok yang sama dengan Conopomorpha cramerella. Berdasarkan karakter ini dapat disimpulkan bahwa sampel PBK termasuk dalam spesies Conopomorpha cramerella. Primer spesifik yang digunakan dalam PCR ini dapat mengamplifikasi fragmen DNA spesifik Conopomorpha cramerella sehingga metode ini dapat diterapkan sebagai alat deteksi Conopomorpha cramerella.

Kata kunciConopomorpha cramerella, PBK, genEF-1α, Kakao.


Full Text:

PDF

Refbacks

  • There are currently no refbacks.